水曲柳EST-SSRs位点信息分析

doi:10.7525/j.issn.1673-5102.2014.03.017

植物研究 ›› 2014, Vol. 34 ›› Issue (3): 393-402.doi: 10.7525/j.issn.1673-5102.2014.03.017

水曲柳EST-SSRs位点信息分析

孙宏冉¹；齐凤慧¹；詹亚光^1*；叶鹏²

1.东北林业大学生命科学院，哈尔滨　150040；2.东北林业大学林学院，哈尔滨　150040

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2014-05-20 发布日期:2014-05-20
通讯作者: 詹亚光
基金资助:

EST-SSRs Locus Information Analysis from Fraxinus mandshurica Rupr.

SUN Hong-Ran;QI Feng-Hui;ZHAN Ya-Guang*;YE Peng

1.School of Life Sciences,Northeast Forestry University,Harbin　150040；2.School of Forestry,Northeast Forestry University,Harbin　150040

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2014-05-20 Published:2014-05-20
Contact: ZHAN Ya-Guang
Supported by:

摘要/Abstract

摘要： 为使EST-SSRs分子标记技术在水曲柳辅助育种、基因定位、雌雄鉴定等研究中应用，本文对NCBI数据库中的12 100条水曲柳ESTs进行了分析，序列拼接得到全长为3.02×10⁶ bp的非冗余的5 423个ESTs聚类，利用在线软件SSRIT进行SSRs位点搜索，共检索出9 489个SSRs位点。EST-SSRs的长度从6~46 bp之间变化。二核苷酸重复在水曲柳中占主导地位(6 914个)，占总SSRs的72.86%，其次是三核苷酸(24.96%）和四核苷酸(1.37%)。各种不同重复模式中出现最多的是(AG/CT)n(3 458次)，占二核苷酸重复的50.01%，其次分别是(AC/GT)n(24.47%)和(AT/AT)n(24.23%)。利用Primer 5.0软件共设计了147对EST-SSRs引物。水曲柳ESTs中SSRs出现频率较高，类型丰富，这一研究结果提供了水曲柳EST-SSRs信息，使该分子标记技术在水曲柳研究中的进一步应用成为可能。

关键词: 水曲柳, 简单重复序列, EST-SSR

Abstract: In order to apply the EST-SSRs technique in molecular marker aided breeding, gene localization, and gender identification of Fraxinus mandshurica Rupr., a total of 12 100 ESTs from NCBI database were analyzed. The sizes of non redundant ESTs added up to 3.02×10⁶ bp, which can be clustered into 5 423 clads. A total of 9 489 SSRs loci (6-46 bp in length) were found via SSRIT software. Dinucleotide repeats is a predominated feature of these loci (accounting 72.86%), followed by trinucleotide repeats (24.96%) and tetranucleotide repeats (1.37%). The pattern (AG/CT)n is the most frequent one among all repeat patterns, followed by (AC/GT)n and (AT/AT)n. We designed 147 pairs of EST-SSRs primers by Primer 5.0 software. EST-SSRs in F.mandshurica Rupr displayed a relatively high level of occurrence frequency with abundant patterns. These results will pave the way for application of EST-SSRs molecular marker in F.mandshurica breeding.

Key words: Fraxinus mandshurica Rupr., simple sequence repeat, EST-SSR

中图分类号:

Q949.776.2

孙宏冉;齐凤慧;詹亚光*;叶鹏. 水曲柳EST-SSRs位点信息分析[J]. 植物研究, 2014, 34(3): 393-402.

SUN Hong-Ran;QI Feng-Hui;ZHAN Ya-Guang*;YE Peng. EST-SSRs Locus Information Analysis from Fraxinus mandshurica Rupr.[J]. Bulletin of Botanical Research, 2014, 34(3): 393-402.

[1]	单超然, 陈晓慧, 丁云飞, 赵威, 卢晗, 高尚珠, 齐凤慧, 詹亚光, 曾凡锁. 水曲柳FmCCoAOMT基因在木质素合成及非生物胁迫中的功能分析[J]. 植物研究, 2023, 43(5): 768-778.
[2]	矫春晶, 李明月, 张鹏. 外源激素浸种与渗透处理对水曲柳种子热休眠的作用[J]. 植物研究, 2023, 43(3): 370-378.
[3]	申晨静, 武文博, 耿露冉, 王福龙, 赵鹏舟, 宋金辉, 詹亚光, 尹静. 水杨酸、纳米氧化锌和促生真菌YZ13-1在水曲柳抵御干旱胁迫中的调控作用[J]. 植物研究, 2023, 43(3): 388-395.
[4]	任悦, 魏骋, 徐添添, 沈海龙, 杨玲. 超低温保存处理对水曲柳胚胎生理生化特征的影响[J]. 植物研究, 2023, 43(3): 396-403.
[5]	张雨, 苏旭, 刘玉萍, 刘涛, 郑长远, 苏丹丹, 王亚男, 吕婷. 喜马红景天叶绿体基因组特征及其系统发育分析[J]. 植物研究, 2022, 42(4): 602-612.
[6]	苏丹丹, 刘玉萍, 刘涛, 郑长远, 张雨, 王亚男, 秦娜, 苏旭. 苦马豆叶绿体基因组结构及其特征分析[J]. 植物研究, 2022, 42(3): 446-454.
[7]	齐凤慧, 王雯萱, 刘林, 汤明硕, 宋飞翔, 詹亚光. 基于液—固交替培养的水曲柳快速微繁系统研究[J]. 植物研究, 2022, 42(2): 184-190.
[8]	尹一卜, 李吉祥, 郭樱杰, 芦子廷, 肖英, 刘华领, 詹亚光, 曾凡锁. 白蜡属种间杂交子代木质素含量变异及FmPAL核苷酸多态性关联分析[J]. 植物研究, 2022, 42(2): 191-199.
[9]	崔程程, 李明月, 张鹏. PEG渗透处理水曲柳种子影响其热休眠诱导及水分状态的关联性研究[J]. 植物研究, 2021, 41(6): 904-910.
[10]	纪欣童, 于磊, 詹亚光. 水曲柳BZR1基因克隆及其表达模式分析[J]. 植物研究, 2021, 41(5): 744-752.
[11]	卢艳, 闫月, 崔程程, 张鹏. 初生休眠解除状态和干燥处理对水曲柳种子萌发的影响[J]. 植物研究, 2020, 40(4): 490-495.
[12]	袁佳秋, 田野, 洑香香. 基于EST-SSR标记的南方型黑杨主栽无性系鉴定及亲缘关系分析[J]. 植物研究, 2019, 39(5): 770-778.
[13]	李新宇, 何利明, 詹亚光. 水曲柳FmWRKY44基因克隆及表达分析[J]. 植物研究, 2019, 39(4): 529-538.
[14]	栾柯权, 张恒, 田永刚, 杨书成, 王洪武, 王连奎, 李焱龙, 陆志民, 赵曦阳. 不同树龄水曲柳半同胞家系生长性状变异研究[J]. 植物研究, 2019, 39(2): 239-245.
[15]	彭春雪, 崔雪梅, 刘春苹, 杨玲, 王秋水, 沈海龙. 3种抗褐化剂影响水曲柳体胚发生的生理分析[J]. 植物研究, 2019, 39(2): 252-258.

水曲柳EST-SSRs位点信息分析

EST-SSRs Locus Information Analysis from Fraxinus mandshurica Rupr.

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价