山茶属植物ITS的扩增及其序列特征分析

doi:10.7525/j.issn.1673-5102.2014.03.018

植物研究 ›› 2014, Vol. 34 ›› Issue (3): 403-408.doi: 10.7525/j.issn.1673-5102.2014.03.018

山茶属植物ITS的扩增及其序列特征分析

尤欢^1,3；周阿涛^2,3；岳亮亮³；寸东义³；丁元明^3*

1.云南农业大学植物保护学院，昆明　650201；2.昆明理工大学生命科学与技术学院，昆明　650224；3.云南出入境检验检疫局，昆明　650228

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2014-05-20 发布日期:2014-05-20
通讯作者: 丁元明
基金资助:

Amplification and Sequence Characterization of ITS in Camellia

YOU Huan;ZHOU A-Tao;YUE Liang-Liang;CUN Dong-Yi;DING Yuan-Ming*

1.College of Plant Protection,Yunnan Agricultural University,Kunming　650201；2.Faculty of Life Science and Technology,Kunming University of Science and Technology,Kunming　650224；3.Yunnan EntryExit Inspection and Quarantine,Kunming　650228

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2014-05-20 Published:2014-05-20
Contact: DING Yuan-Ming
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摘要/Abstract

摘要： 以山茶属（Camellia）植物为实验材料，通过在PCR反应液中加入二甲基亚砜（DMSO）来改进ITS区的扩增效果，并对获得的序列进行了相关的比较分析以及系统发育分析。分析结果表明：（1）PCR反应液中添加4%的DMSO能明显提高ITS的扩增效率，并能有效防止ITS假基因的扩增；（2）与功能拷贝相比，ITS假基因序列的ITS1和ITS2区存在多处碱基缺失，GC含量明显偏低，5.8S区二级结构稳定性降低；（3）应用ITS假基因进行种水平的系统发育分析会对其真实的系统关系造成影响，提示进行系统进化研究时应警惕假基因的干扰。

关键词: DMSO, ITS, 山茶属, 假基因

Abstract: In this study, PCR amplification of nrDNA ITS of Camellia was improved by the addition of DMSO in PCR protocol, the sequence characteristic of ITS were analyzed. The results showed that: (1)The PCR amplification efficiency of ITS was improved by the addition of 4% DMSO, and the ITS pseudogenes were prevented from being amplified; (2)ITS pseudogenes exhibited a significant deletion in ITS1 and ITS2 region, and displayed lower GC content and unstable secondary structure; (3)ITS pseudogenes could not provided the real phylogenetic relationships, it showed the necessity of great care when used the ITS sequence in evolutionary studies in genus Camellia.

Key words: DMSO, ITS, Camellia, pseudogene

中图分类号:

S685.14

尤欢;周阿涛;岳亮亮;寸东义;丁元明*. 山茶属植物ITS的扩增及其序列特征分析[J]. 植物研究, 2014, 34(3): 403-408.

YOU Huan;ZHOU A-Tao;YUE Liang-Liang;CUN Dong-Yi;DING Yuan-Ming*. Amplification and Sequence Characterization of ITS in Camellia[J]. Bulletin of Botanical Research, 2014, 34(3): 403-408.

[1]	任伟超, 徐姣, 孙伟, 刘美琦, 于欣欣, 王思嘉, 马伟. 基于DNA条形码的柳属植物系统发育研究[J]. 植物研究, 2021, 41(6): 896-903.
[2]	付涛, 王志龙, 林乐静, 林立, 李文, 袁冬明. 中国主栽樱花的分子系统发育分析[J]. 植物研究, 2020, 40(6): 876-885.
[3]	蒋福娟, 唐楠, 唐道城, 巨秀婷, 孙静清. 青藏高原东南部山丹nrDNA ITS和cpDNA petB/petD 序列的分子进化特点[J]. 植物研究, 2018, 38(1): 117-124.
[4]	柏国清, 李为民, 陈昊, 黎斌, 李思锋. 秦巴山区漆树nrDNAITS和cpDNA序列分子进化特点的分析[J]. 植物研究, 2017, 37(4): 579-586.
[5]	丑欢欢, 唐红. 基于ITS和matK基因对牡丹组序列分析及其亲缘关系的研究[J]. 植物研究, 2017, 37(4): 603-612.
[6]	刘玉萍, 吕婷, 周勇辉, 张晓宇, 苏旭. 根据广义形态性状和nrDNA ITS序列试论长颖固沙草的归并[J]. 植物研究, 2017, 37(2): 174-180.
[7]	杨路存1,2；刘何春1,3；周学丽4；徐文华1,2；周国英1,2. 羌活（Notopterygium incisum*）nrDNAITS和cpDNA rpl20-rps12序列分子进化特点的分析[J]. 植物研究, 2016, 36(2): 291-296.
[8]	傅建敏1,2；梁晋军1,2；乌云塔娜1,2；梁玉琴1,2；孙鹏1,2；李芳东1,2. 基于叶绿体DNA ndh*A和nrDNA ITS序列变异分析栽培柿及其近缘种亲缘关系[J]. 植物研究, 2015, 35(4): 515-520.
[9]	赵大鹏;王康满;侯元同. 基于叶绿体trnL-F,rbc*L序列和核核糖体ITS序列探讨蓼属（蓼科）头状蓼组的系统发育[J]. 植物研究, 2012, 32(1): 77-83.
[10]	汪琛颖;李大林;赵建成*. 基于核核糖体DNA ITS序列的真藓科系统发育新证据[J]. 植物研究, 2011, 31(6): 664-673.
[11]	汪琛颖;赵建成. 丝瓜藓属(Pohlia Hedw.)的系统位置及属内种间关系探讨[J]. 植物研究, 2010, 30(5): 517-526.
[12]	周涛;黄璐琦*;崔光红;江维克;王敏. 栝楼属基于核糖体ITS序列的系统发育分析[J]. 植物研究, 2010, 30(5): 568-575.
[13]	段义忠;张得钧;高庆波;张发起;李印虎;陈世龙. 窄叶鲜卑花（Sibiraea angustata）nrDNA ITS和cpDNA trn*L-F序列分子进化特点的分析[J]. 植物研究, 2010, 30(2): 146-151.
[14]	刘建林;孟秀祥;罗　强;李晓江;袁　颖;杨　红. 珍稀濒危植物，中国山茶属（山茶科）一新种——牦牛山山茶[J]. 植物研究, 2007, 27(6): 641-644.
[15]	刘建林;孟秀祥;罗　强;李晓江;袁　颖;杨　红. 珍稀濒危植物,中国山茶属(山茶科)一新变种[J]. , 2007, 27(5): 513-514.

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Amplification and Sequence Characterization of ITS in Camellia

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