毛果杨nsLTP基因家族全基因组水平鉴定及其表达特性分析

doi:10.7525/j.issn.1673-5102.2022.03.011

植物研究 ›› 2022, Vol. 42 ›› Issue (3): 412-423.doi: 10.7525/j.issn.1673-5102.2022.03.011

毛果杨nsLTP基因家族全基因组水平鉴定及其表达特性分析

程赫¹, 田双慧¹, 张洋¹, 刘聪¹, 夏德安¹, 魏志刚²()

^1.林木遗传育种国家重点实验室，东北林业大学，哈尔滨 150040
^2.国家林业和草原局盐碱地研究中心，中国林业科学研究院，北京 100091

收稿日期:2021-03-28 出版日期:2022-05-20 发布日期:2022-05-20
通讯作者: 魏志刚 E-mail:zhigangwei1973@163.com
作者简介:程赫（1996—），女，硕士研究生，主要从事林木抗性育种方面的研究。
基金资助:
国家自然科学基金项目(31770640);国家重点研发计划子课题项目(2017YFC0504102-04)

Genome-wide Identification and Expression Analysis of nsLTP Gene Family in Populus trichocarpa

He CHENG¹, Shuanghui TIAN¹, Yang ZHANG¹, Cong LIU¹, De’an XIA¹, Zhigang WEI²()

^1.State Key Laboratory of Forest Tree Genetics and Breeding，Northeast Forestry University，Harbin 150040
^2.Saline Soil Research Center，National Forestry and Grassland Administration，Chinese Academy of Forestry，Beijing 100091

Received:2021-03-28 Online:2022-05-20 Published:2022-05-20
Contact: Zhigang WEI E-mail:zhigangwei1973@163.com
About author:CHENG He（1996—），female，master，main research direction：tree resistance breeding.
Supported by:
the National Natural Science Foundation of China(31770640);Subproject of the National Key Research and Development Program(2017YFC0504102-04)

摘要/Abstract

摘要：

植物非特异性脂质转移蛋白（non-specific lipid transfer proteins，nsLTP）是一类多基因家族编码碱性蛋白，负责脂肪酸体外结和与膜之间的磷脂转移，在植物生长发育和逆境胁迫响应中扮演着重要角色。目前为止，尚无模式植物毛果杨（Populus trichocarpa）nsLTP家族的研究报导。本研究从全基因组水平对PtrnsLTP家族成员的基因数量、亲缘关系、基因结构、编码蛋白保守基序等特性进行了分析，结果表明：PtrnsLTP家族共由39个基因组成，进化成5个亚家族，其中A亚族含有6个基因、B亚族含有2个、C亚族含有13个、D亚族含有3个、E亚族含有15个。PtrnsLTP家族包含7对旁系同源基因，其中1对大于1，6对Ka/Ks均远小于1，且这6对基因均处于同一个大的进化分支上，进化压力的不同导致基因间的功能出现了分化，编码蛋白均含有Motif 1和 Motif 2保守基序。利用qRT-PCR技术并结合杨树转录组数据对PtrnsLTP的组织表达与盐胁迫响应特性研究发现：各家族成员在毛果杨根、茎和叶中均有表达且经qRT-PCR技术验证后与网站预测结果基本吻合，有11、15和13个成员分别在根、茎和叶中有较高的表达，表明该基因家族参与了杨树不同组织的生长发育；NaCl胁迫下，该家族39个基因中分别有26个成员在根部、14个成员在叶部表达量随着胁迫时间的增加而升高，而32个基因在茎部表现为先升高后降低的趋势。本研究结果对于PtrnsLTP家族基因生物学功能的鉴定与盐胁迫响应基因资源的工作有着积极的推动作用。

关键词: 毛果杨, nsLTP, 生物信息学分析, 盐胁迫

Abstract:

Non-specific lipid transfer proteins（nsLTP）， a polygene family of basic lipid transfer proteins， are responsible for the transfer of phospholipids between fatty acids and membrane in vitro， and play an important role in plant growth and development and the response to stress. There have been no reports on the nsLTP family of Populus trichocarpa. In this study， the number of genes， genetic relationship， gene structure and conserved motif of coding proteins of PtrnSLTP family members were analyzed at the genome-wide level. The results showed that the PtrnsLTP family was composed of 39 genes and evolved into five subfamilies， among which six genes in subfamily A， two genes in subfamily B， 13 genes in subfamily C， three genes in subfamily D， and 15 genes in subfamily E. PtrnsLTP family contained seven pairs of paragenetic homologous genes， among which one pair was greater than one， and the six pairs of Ka/Ks were all far less than one. Moreover， these six pairs of genes were all on the same large evolutionary branch， and different evolutionary pressures led to functional differentiation among genes. Both encoded proteins contained conserved motifs in Motif 1 and Motif 2. Using qRT-PCR technology combined with P. trichocarpa data to study the tissue expression of PtrnsLTP and the response characteristics of salt stress， it was found that all family members expressed in the roots， stems and leaves of P. trichocarpa. The results were basically consistent with the prediction results by the bioinformatics analysis of the website. There were 11， 15 and 13 members respectively having higher expression in roots， stems and leaves， indicated that this gene family was involved in the growth and development of different tissues of P. trichocarpa. Under NaCl stress， among the 39 genes in the family， 26 genes expressed in the root and 14 genes expressed in the leaves increased with the increase of stress time， while 32 genes expressed in the stem first increased and then decreased. The results have a positive role in promoting the identification of the biological function of PtrnsLTP family genes and the work of salt stress response gene resources.

Key words: Populus trichocarpa, nsLTP, bioinformatics analysis, salt stress

中图分类号:

S792.11

程赫, 田双慧, 张洋, 刘聪, 夏德安, 魏志刚. 毛果杨nsLTP基因家族全基因组水平鉴定及其表达特性分析[J]. 植物研究, 2022, 42(3): 412-423.

He CHENG, Shuanghui TIAN, Yang ZHANG, Cong LIU, De’an XIA, Zhigang WEI. Genome-wide Identification and Expression Analysis of nsLTP Gene Family in Populus trichocarpa[J]. Bulletin of Botanical Research, 2022, 42(3): 412-423.

图/表 9

表1

PtrnsLTP 定量引物序列

定量引物名称 qRT-PCR primer name	F端引物序列（5′—3′） F-terminal primer sequence（5′—3′）	R端引物序列（5′—3′） R-terminal primer sequence（5′—3′）
PtrnsLTP1.1	ATCTCTCCAAGTGTAGTAGCGGC	GGTTTCCCAGTGCCATTCAT
PtrnsLTP1.2	TCACACTCAAACAACAACCAAGA	AATCAGAATTCCGATCACTGCA
PtrnsLTP1.3	AGTGTAGTAGCGGCAGCAATG	GGCCTCAGGTCCTTGATTACAT
PtrnsLTP1.4	CAAGTGTAGTAGCGGCAGCAAT	CAGCAGGTGGTTTCCCAGTA
PtrnsLTP1.5	GCACATCCTTGTGGTAGCACTT	AAGAGTACACAAGCAAGGCTGG
PtrnsLTP1.6	AGCACTGTTGATGAAAAGGCA	GTTGACGCTTGTAGAGACGGG
PtrnsLTP2.1	GAGTCTAGTGCTTGCCCTCATG	CACCTTTGGTCCCTTTTTGG
PtrnsLTP2.2	AGATGGCGAAGAGGCAGC	GCCCCAGAAACAGCCTTG
PtrnsLTP4.1	TGCTTATAGCGATGGTTGTTAGTG	AGGATTTCAAACAGTTGCAGACC
PtrnsLTP4.2	GCTTGTAGCGATGGTTGTTAGTG	CTTACCAGCCAAGGATTTCAAAC
PtrnsLTP4.3	TGCCTACCAGCAATCTCGTC	CAAAGACAAGGCTTCTGCTCC
PtrnsLTP6.1	TGCCTCACCTACCTGAAGAAAG	ACTTTGGAGGCGGTTTGTTT
PtrnsLTP7.1	CTCGCATTGTTGGGTTTCTG	GGTCCACGTCGAACTTAGCC
PtrnsLTP7.2	CCCCATCTTCAGAGGCACC	CAGTATGAACCTGCGAGAAAATC
PtrnsLTP8.1	GGCGACTCCAATGAAGTACATT	AGCACTGGCTCGAAACTGAAG
PtrnsLTP9.1	CAAGTGTAGTGGTGGCAGCAAT	GTTCACACAAGGCCTCAGGTC
PtrnsLTP9.2	CAAATCCAGATGCTCCCGAT	ACAGCCTTCTCCATGCTAATCA
PtrnsLTP9.3	ACGCACAAAGAATTTTGTCGTT	CCTGTCTGCACTGATGGCTTAC
PtrnsLTP10.1	CTTGGGTTGTGACTGTGTTGGT	AGGCAGTAACTTTGGAGCAGC
PtrnsLTP10.2	TCAATCAAGTTGACGGGGC	AACAGCGCATAGGCAGGC
PtrnsLTP11.1	AATAGTGGTGGCTGTGATTGCT	GTAGTAGTCAAGAATGGGAGGCAG
PtrnsLTP11.2	GTATTCTGTTTTTTGGGCAGTGA	TCCCTTTTGTCTTTCCTGTTGA
PtrnsLTP11.3	CTGTTTTCTGGGCAGTGATTTT	GAGACACTACCCAGCAAGAACG
PtrnsLTP12.1	CAATCACATCTTCTACTCCACCAA	GCTTCTGTTCCTTGATCTTGCT
PtrnsLTP12.2	TCACTCAAGTCTCTTAGCTCCCC	GTACTAGGGTTGGTGTTCGGTG
PtrnsLTP12.3	CTCCTGTTGCTGTTGCTCTCAT	CCACAGAAGCCAGGCAGAGTA
PtrnsLTP14.1	ACTTGTCTGCTTGCGTTTCCTA	GATGCAGCCTCATCCTTCATATC
PtrnsLTP14.2	AGCAGCAATGAGCACTCATCTAT	ACAGCAAGTCTTTGACGGATCT
PtrnsLTP14.3	TCCTTTGTGTGGCTCTATTGCT	GCGGTAGGGTTAGGAGGAGTTA
PtrnsLTP15.1	ATTGGTGCTTCTTCTGGCTCA	GCAGGGCTTCTGTTCCTTGAT
PtrnsLTP15.2	CAGTGCAGACTCAACTGGCTC	TACAACACTCAGCATTCGGGT
PtrnsLTP16.1	TTCATCGGTCTTCTGGGATTG	TCACCTGAAGGCAGCAACTG
PtrnsLTP16.2	AACAACCGCCGCTCAACT	GTGGATGTGCTGATCTTGTACG
PtrnsLTP16.3	TGATCTGTGCTCTCTTGCTATGC	TTGTTGACATTCTGAACTCCTTTG
PtrnsLTP16.4	TGATCTGTGCTCTCTTGCTATGC	CGTTGTTGACATTCTGAACTCCTC
PtrnsLTP16.5	TCCACCACTAAAGCAGCGATT	AGTCCAGCAGCAAGAGCAACA
PtrnsLTP16.6	GAGAGCCCTTCATTTAGTTTGC	TGAAATCGCTGCTTTAGTGGT
PtrnsLTP17.1	TTCGGAGAGTAAATGCGAGC	CAGTCCACGCTTCGCTAATC
PtrnsLTP17.2	TAACCCAGGGCAGTTGAGC	AAGTGGTGGAGGGTGGTGTAG
PtrActin	AGGCAGGTTTCGCAGGAGATGA	TCCATCACCAGAATCCAGCACA

表1

图1

表2

PtrnsLTP 家族概况

基因名称 Gene name	登录号 Gene ID	基因的位置 Genomic location	蛋白长度 Protein length /aa	分子量 Molecular weight /kDa	等电点 pI	亚细胞定位 Subcellular localization
PtrnsLTP1.1	Potri.001G023200.1	1768060-1768956	113	12.009 12	6.78	CM
PtrnsLTP1.2	Potri.001G023300.1	1770676-1771673	134	14.607 19	7.56	CM
PtrnsLTP1.3	Potri.001G232700.1	24461327-24462000	118	11.975 05	8.14	CW
PtrnsLTP1.4	Potri.001G232900.1	24483523-24484495	118	12.014 09	8.46	CW
PtrnsLTP1.5	Potri.001G271000.1	27859786-27860575	88	9.291 93	6.71	CM
PtrnsLTP1.6	Potri.001G460900.1	49454026-49454302	84	8.582 16	8.74	CW
PtrnsLTP2.1	Potri.002G012300.1	714913-715376	124	14.124 77	8.8	CW
PtrnsLTP2.2	Potri.002G251000.1	24097409-24098806	102	10.740 64	4.85	CM
PtrnsLTP4.1	Potri.004G086500.1	7250939-7252044	118	11.809 93	9.22	CW
PtrnsLTP4.2	Potri.004G086600.1	7257055-7257885	118	11.668 74	9.06	CW
PtrnsLTP4.3	Potri.004G096000.1	8252603-8253488	93	9.645 56	9.14	CM
PtrnsLTP6.1	Potri.006G108100.1	8428753-8429723	116	11.881 21	9.32	CW
PtrnsLTP7.1	Potri.007G138400.1	14998848-14999195	115	13.108 28	5.45	CW
PtrnsLTP7.2	Potri.007G138500.1	15002557-15003632	153	16.955 85	6.39	CW
PtrnsLTP8.1	Potri.008G061800.1	3715997-3716768	119	12.545 76	8.6	CM
PtrnsLTP9.1	Potri.009G025200.1	3644075-3645235	118	11.870 75	8.13	CW
PtrnsLTP9.2	Potri.009G048800.1	5396543-5396830	95	10.243 31	9.07	CW，CM
PtrnsLTP9.3	Potri.009G112500.1	9594032-9594787	109	11.662 80	8.83	CM
PtrnsLTP10.1	Potri.010G100600.1	12200539-12202205	120	12.268 74	9.91	CM
PtrnsLTP10.2	Potri.010G196300.1	18966272-18967159	119	12.541 65	8.07	CM
PtrnsLTP11.1	Potri.011G021900.1	1852821-1853530	118	12.831 99	8.13	CW，CM
PtrnsLTP11.2	Potri.011G022100.1	1860483-1860995	119	12.987 31	8.64	CW
PtrnsLTP11.3	Potri.011G022200.1	1869485-1870289	119	13.027 37	8.43	CW
PtrnsLTP12.1	Potri.012G054300.1	5504366-5505126	93	10.033 02	9.24	CW
PtrnsLTP12.2	Potri.012G137400.1	15263548-15264499	94	96.432 60	6.66	CM
PtrnsLTP12.3	Potri.012G139700.1	15398444-15399190	118	12.415 55	4.27	CW
PtrnsLTP14.1	Potri.014G046500.1	3643120-3644008	117	12.105 16	6.53	CW
PtrnsLTP14.2	Potri.014G098000.1	7655899-7656796	127	13.578 99	9.06	CW
PtrnsLTP14.3	Potri.014G149900.1	11496745-11497691	103	10.687 80	8.62	CM
PtrnsLTP15.1	Potri.015G044500.1	4411154-4411923	93	10.083 00	9.36	CW，CM
PtrnsLTP15.2	Potri.015G139100.1	14741017-14741301	94	9.760 28	5.97	CM
PtrnsLTP16.1	Potri.016G104300.1	10353074-10353978	116	11.902 98	8.11	CM
PtrnsLTP16.2	Potri.016G135400.1	13871619-13872561	116	11.879 93	8.89	CW
PtrnsLTP16.3	Potri.016G135500.1	13890545-13891464	129	14.051 54	9.36	CW
PtrnsLTP16.4	Potri.016G135700.1	13908471-13909450	117	12.825 26	9.23	CW
PtrnsLTP16.5	Potri.016G135800.1	13915635-13916479	120	12.498 66	9.26	CW
PtrnsLTP16.6	Potri.016G136000.1	13922459-13923572	120	12.662 74	9.01	CW
PtrnsLTP17.1	Potri.017G013200.1	1105887-1106566	116	13.385 69	8.03	CW
PtrnsLTP17.2	Potri.017G118700.1	13300324-13300829	94	9.926 79	8.68	CM

表2

图2

图3

表3

图4

图5

图6

参考文献 38

1	DENG W J， LI R Q， XU Y W，et al.A lipid transfer protein variant with a mutant eight-cysteine motif causes photoperiod- and-thermo-sensitive dwarfism in rice［J］.Journal of Experimental Botany，2019，71（4）：1294-1305.
2	JOSÉ-ESTANYOL M， GOMIS-RÜTH F X， PUIGDOMÈNECH R.The eight-cysteine motif，a versatile structure in plant proteins［J］.Plant Physiology and Biochemistry，2004，42（5）：355-365.
3	LERCHE M H， KRAGELUND B B， BECH L M，et al.Barley lipid-transfer protein complexed with palmitoyl CoA：the structure reveals a hydrophobic binding site that can expand to fit both large and small lipid-like ligands［J］.Structure，1997，5（2）：291-306.
4	KADER J C.Proteins and the intracellular exchange of lipids：I.stimulation of phospholipid exchange between mitochondria and microsomal fractions by proteins isolated from potato tuber［J］.Biochimica et Biophysica Acta（BBA）-Lipids and Lipid Metabolism，1975，380（1）：31-44.
5	王洪.油菜非特异性脂转运蛋白基因家族的全基因组水平鉴定和表达分析［D］.杨凌：西北农林科技大学，2015.
	WANG H.Genome-wide identification and expression analysis of brnsltps gene family in brassica rapa［D］.Yangling：Northwest Agriculture and Forestry University，2015.
6	孟令波，刘关君，李淑敏，等.黄瓜非特异性脂质转移蛋白基因的序列分析及细菌性角斑病菌浸染下的表达［J］.东北农业大学学报，2013，44（1）：55-60.
	MENG L B， LIU G J， LI S M，et al.Sequence analyses of non-specific transfer protein from cucumber and expression after challenging by Pseudomonas syringae pv.Lachry-mans ［J］.Journal of Northeast Agricultural University，2013，44（1）：55-60.
7	KINLAW C S， GERTTULA S M， CARTER M C.Lipid transfer protein genes of loblolly pine are members of a complex gene family［J］.Plant Molecular Biology，1994，26（4）：1213-1216.
8	BLUNDELL T L， SIBANDA B L， STERNBERG M J E，et al.Knowledge-based prediction of protein structures and the design of novel molecules［J］.Nature，1987，326（6111）：347-352.
9	DOULIEZ J P， MICHON T， ELMORJANI K，et al.Mini Review：structure，biological and technological functions of lipid transfer proteins and indolines，the major lipid binding proteins from cereal kernels［J］.Journal of Cereal Science，2000，32（1）：1-20.
10	BOUTROT F， CHANTRET N， GAUTIER M F.Genome-wide analysis of the rice and arabidopsis non-specific lipid transfer protein（nsLtp） gene families and identification of wheat nsLtp genes by EST data mining［J］.BMC Genomics，2008，9（1）：86.
11	SAMUEL D， LIU Y J， CHENG C S，et al.Solution structure of plant nonspecific lipid transfer protein-2 from rice（Oryza sativa）［J］.Journal of Biological Chemistry，2002，277（38）：35267-35273.
12	KADER J C.Lipid-transfer proteins in plants［J］.Annual Review of Plant Physiology and Plant Molecular Biology，1996，47：627-654.
13	ZHANG D S， LIANG W Q， YIN C S，et al. OsC6，encoding a lipid transfer protein，is required for postmeiotic anther development in rice［J］.Plant Physiology，2010，154（1）：149-162.
14	XIE W Q， ZHAO L Q， BAI W Y，et al.The effects of calmodulin on the lipid-binding activity of CaM-binding protein-10 and maize non-specific lipid transfer protein［J］.Journal of Plant Physiology and Molecular Biology，2006，32（6）：679-684.
15	MOLINA A， SEGURA A， GARCÍA-OLMEDO F.Lipid transfer proteins（nsLTPs） from barley and maize leaves are potent inhibitors of bacterial and fungal plant pathogens［J］.FEBS Letters，1993，316（2）：119-122.
16	GARCÍA-OLMEDO F， MOLINA A， SEGURA A，et al.The defensive role of nonspecific lipid-transfer proteins in plants［J］.Trends in Microbiology，1995，3（2）：72-74.
17	强晓晶.小盐芥ThPIP1基因的水稻遗传转化及耐盐机理研究［D］.北京：中国农业科学院，2015.
	QIANG X J. Thellungiella halophila ThPIPl gene transferring rice and mechanism of salt stress tolerance［D］.Beijing：Chinese Academy of Agricultural Sciences，2015.
18	ANDREA P， SNEHA D， HELENE P.Salt stress in Arabidopsis：lipid transfer protein AZI1 and its control by mitogen-activated protein kinase MPK3［J］.Molecular Plant，2014，7（4）：722-738.
19	MCLAUGHLIN J E， BIN-UMERM A， WIDIEZ T，et al.A lipid transfer protein increases the glutathione content and enhances Arabidopsis resistance to a trichothecene mycotoxin［J］.PLoS One，2015，10（6）：e0130204.
20	JUNG H W， KIM K D， HWANG B K.Identification of pathogen-responsive regions in the promoter of a pepper lipid transfer protein gene（CALTPI） and the enhanced resistance of the CALTPI transgenic Arabidopsis against pathogen and environmental stresses［J］.Planta，2005，221（3）：361-373.
21	郜刚，任彩虹，金黎平，等.马铃薯非特异性脂质转移蛋白基因StLTPa1的克隆和表达［J］.作物学报，2008，34（9）：1510-1517.
	GAO G， REN C H， JIN L P，et al.Cloning，expression and characterization of a non-specific lipid transfer protein gene from potato［J］.Acta Agronomica Sinica，2008，34（9）：1510-1517.
22	FANG Z W， HE Y Q， LIU Y K，et al.Bioinformatic identification and analyses of the non-specific lipid transfer proteins in wheat［J］.Journal of Integrative Agriculture，2020，19（5）：1170-1185.
23	TAMURA K， STECHER G， PETERSON D，et al.MEGA6：molecular evolutionary genetics analysis version 6.0［J］.Molecular Biology and Evolution，2013，30（12）：2725-2729.
24	LETUNIC I， BORK P.Interactive Tree of Life （iTOL） v4：recent updates and new developments［J］.Nucleic Acids Research，2019，47（W1）：W256-W259.
25	ZHANG Z， LI J， ZHAO Z Q，et al.KaKs_Calculator：calculating Ka and Ks through model selection and model averaging［J］.Genomics，Proteomics & Bioinformatics，2006，4（4）：259-263.
26	LI J， GAO G Z， XU K，et al.Genome-wide survey and expression analysis of the putative non-specific lipid transfer proteins in Brassica rapa L.［J］.PLos One，2014，9（1）：e84556.
27	BLANC G， WOLFE K H.Widespread paleopolyploidy in model plant species inferred from age distributions of duplicate genes［J］.The Plant Cell，2004，16（7）：1667-1678.
28	LIU W F， HUANG D W， LIU K，et al.Discovery，identification and comparative analysis of non-specific lipid transfer protein（nsLtp） family in solanaceae［J］.Genomics，Proteomics & Bioinformatics，2010，8（4）：229-237.
29	TSUBOI S， OSAFUNE T， TSUGEKI R，et al.Nonspecific lipid transfer protein in castor bean cotyledon cells：subcellular localization and a possible role in lipid metabolism［J］.Journal of Biochemistry，1992，111（4）：500-508.
30	ARONDEL V， VERGNOLLE C， CANTREL C，et al.Lipid transfer proteins are encoded by a small multigene family in Arabidopsis thaliana ［J］.Plant Science，2000，157（1）：1-12.
31	HINCHA D K， NEUKAMM B， SROR H A M，et al.Cabbage cryoprotectin is a member of the nonspecific plant lipid transfer protein gene family［J］.Plant Physiology，2001，125（2）：835-846.
32	TREVIÑO M B， O’CONNELL M A.Three drought-responsive members of the nonspecific lipid-transfer protein gene family in Lycopersicon pennellii show different developmental patterns of expression［J］.Plant Physiology，1998，116（4）：1461-1468.
33	JI J L， LÜ H H， YANG L M，et al.Genome-wide identification and characterization of non-specific lipid transfer proteins in cabbage［J］.PeerJ，2018，6：e5379.
34	SAKHARKAR M K， CHOW V T K， KANGUEANE P.Distributions of exons and introns in the human genome［J］.In Silico Biology，2004，4（4）：387-393.
35	JAIN M， KHURANA P， TYAGI A K，et al.Genome-wide analysis of intronless genes in rice and Arabidopsis ［J］.Functional & Integrative Genomics，2008，8（1）：69-78.
36	D’AGOSTINO N， BUONANNO M， AYOUB J，et al.Identification of non-specific Lipid Transfer Protein gene family members in Solanum lycopersicum and insights into the features of Sola l 3 protein［J］.Scientific Reports，2019，9（1）：1607.
37	LIANG W J， MA X L， WAN P，et al.Plant salt-tolerance mechanism：a review［J］.Biochemical and Biophysical Research Communications，2018，495（1）：286-291.
38	COLCOMBET J， HIRT H. Arabidopsis MAPKs：a complex signalling network involved in multiple biological processes［J］.Biochemical Journal，2008，413（2）：217-226.

同源基因Paralogues		Ka（JC）	Ks（JC）	Ka/Ks	同源片段长度 Homologous fragment length /bp	同源性 Homology /%
Gene1	Gene2	Ka（JC）	Ks（JC）	Ka/Ks	同源片段长度 Homologous fragment length /bp	同源性 Homology /%
PtrnsLTP4.1	PtrnsLTP4.2	0.050 751	0.058 338	0.869 942	339	95
PtrnsLTP8.1	PtrnsLTP10.2	0.060 735	0.274 117	0.221 566	325	90
PtrnsLTP9.1	PtrnsLTP1.3	0.117 490	0.210 058	0.559 323	312	87
	PtrnsLTP1.4	0.108 696	0.241 534	0.450 025	312	87
PtrnsLTP11.2	PtrnsLTP11.3	0.025 754	0.064 835	0.397 217	348	97
PtrnsLTP16.3	PtrnsLTP16.4	0.112 034	0.068 727	1.630 148	317	91
PtrnsLTP16.5	PtrnsLTP16.6	0.028 199	0.064 493	0.437 239	346	98

[1]	隋德宗, 王保松. 盐胁迫下乌桕无性系叶片的比较蛋白组学研究[J]. 植物研究, 2023, 43(5): 679-689.
[2]	徐磊, 胥晓, 刘沁松. 外源水杨酸对盐胁迫下珙桐幼苗抗氧化系统和基因表达的影响[J]. 植物研究, 2023, 43(4): 572-581.
[3]	廖诗贤, 王宇婷, 董立本, 顾咏梅, 贾丰璘, 姜廷波, 周博如. 小黑杨转录因子PsnbZIP1应答盐胁迫功能分析[J]. 植物研究, 2023, 43(2): 288-299.
[4]	刘森尧, 贾丰璘, 国庆, 樊高锋, 周博如, 姜廷波. 小黑杨转录因子PsnbHLH162基因在盐和低温胁迫下应答分析[J]. 植物研究, 2023, 43(2): 300-310.
[5]	黄安瀛, 夏德安, 张洋, 那冬晨, 燕青, 魏志刚. PtrWRKY51基因的克隆及抗旱表达特性分析[J]. 植物研究, 2022, 42(6): 1005-1013.
[6]	李登高, 林睿, 穆青慧, 周娜, 张焱如, 白薇. 马铃薯StCRKs基因家族的鉴定分析及响应逆境信号的表达[J]. 植物研究, 2022, 42(6): 1033-1043.
[7]	岳莉然, 刘颖婕, 刘晨旭, 周蕴薇. 响应盐胁迫调控的露地菊miR398a的克隆及功能研究[J]. 植物研究, 2022, 42(6): 986-996.
[8]	李登高, 林睿, 穆青慧, 周娜, 张焱如, 白薇. 马铃薯StNPR4基因的克隆与功能分析[J]. 植物研究, 2022, 42(5): 821-829.
[9]	王雪莹, 王瑞琪, 张洋, 刘聪, 夏德安, 魏志刚. 毛果杨CNGC家族全基因组鉴定及胁迫响应分析[J]. 植物研究, 2022, 42(4): 613-625.
[10]	陈娇娆, 续旭, 胡章立, 杨爽. 植物感受盐胁迫及相关钙信号的研究进展[J]. 植物研究, 2022, 42(4): 713-720.
[11]	杨宇宁, 董昊, 董实伟, 王乃锐, 宋跃, 张含国, 李淑娟. 长白落叶松转录因子LobHLH34克隆及表达分析[J]. 植物研究, 2022, 42(1): 112-120.
[12]	赵佳明, 樊二勤, 刘轶, 王智, 王军辉, 曲冠证. 楸树CbuATX1，CbuATX1-like和CbuATX2基因克隆及生物信息学分析[J]. 植物研究, 2022, 42(1): 47-61.
[13]	田双慧, 程赫, 张洋, 刘聪, 夏德安, 魏志刚. 毛果杨类胡萝卜素裂解双加氧酶基因家族全基因组水平鉴定及其干旱与盐胁迫响应分析[J]. 植物研究, 2021, 41(6): 993-1005.
[14]	赵晓菊, 张奕婷, 刘佳, 刘洋, 唐中华. 一氧化氮参与盐胁迫下长春花酚类代谢的调控研究[J]. 植物研究, 2021, 41(4): 633-640.
[15]	彭淑萍, 董诚明, 朱畇昊. 响应内生菌侵染的两个地黄茉莉酸合成关键基因的克隆与表达分析[J]. 植物研究, 2021, 41(2): 294-301.

毛果杨nsLTP基因家族全基因组水平鉴定及其表达特性分析

Genome-wide Identification and Expression Analysis of nsLTP Gene Family in Populus trichocarpa

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