%0 Journal Article %A Didier Bogusz3 %A Khongsak Pinyopusarerk2 %A 陈羽1 %A 陈珍1 %A 韩强1 %A 胡盼1 %A 姜清彬1 %A 张勇1 %A 仲崇禄1 %T 木麻黄EST序列中SSR的分布特征及有效SSR标记的筛选 %D 2016 %R 10.7525/j.issn.1673-5102.2016.01.016 %J 植物研究 %P 116-122 %V 36 %N 1 %X 从NCBI的EST数据库中获得的木麻黄EST序列共有34 752条,进行拼接后得到全长7 278.578 kb的非冗余序列(Unigene)12 062条,并从中检索得到分布于353条Unigene的367个SSR位点,SSR检出率为2.93%,平均分布距离为19.83 kb,包括39种重复基序类型。其中,以二核苷酸和三核苷酸为主要类型,在总SSRs中所占比例分别为57.77%和34.60%;而二核苷酸重复基序中,AG/CT所占比例最高,为93.87%;在三核苷酸重复基序中AAG/CTT所占比例最高,为44.09%。对检索出的EST-SSR位点设计得到97对引物,其中32对为可有效扩增引物。Blastx分析发现77.3%的含SSR位点的EST序列与非冗余蛋白序列数据库中功能序列具有同源性,而功能已知的序列中葡萄来源的序列占有最大比例(10.4%)。GO功能分类发现,含有SSR位点的EST序列中有47.3%至少具有1个GO注释,归入细胞组分的序列最多,而其中细胞质和细胞核的功能项所占比例较大。 %U https://bbr.nefu.edu.cn/CN/10.7525/j.issn.1673-5102.2016.01.016