大青叶SRAP-PCR反应体系的建立与优化研究

doi:10.7525/j.issn.1673-5102.2015.02.020

植物研究 ›› 2015, Vol. 35 ›› Issue (2): 310-314.doi: 10.7525/j.issn.1673-5102.2015.02.020

大青叶SRAP-PCR反应体系的建立与优化研究

1.中国科学院近代物理研究所，兰州　730000；
2.甘肃农业大学动物医学院，兰州　730070

出版日期:2015-03-15 发布日期:2015-05-05
基金资助:

Optimizing Sequence-Related Amplified Polymorphism Amplification System for Isatis indigotica Fort

1.Institute of Modern Physics,Chinese Academy of Sciences,Lanzhou　730000；
2.College of Veterinary Medicine,Gansu Agricultural University,Lanzhou　730070

Online:2015-03-15 Published:2015-05-05
Supported by:

摘要/Abstract

摘要： 为了建立并优化大青叶SRAP-PCR扩增体系。以大青叶基因组DNA为模板，通过正交试验设计，从Mg²⁺、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA 5种因素5个水平对大青叶SRAP-PCR反应体系进行优化。建立的大青叶SRAP-PCR最佳反应体系为25 μL反应体系中含1.5 mmol·L^-1 Mg²⁺、0.15 mmol·L^-1 dNTPs、0.60 μmol·L^-1引物、2.0 U Taq DNA聚合酶和26 ng DNA模板。在这一体系下对不同大青叶材料的PCR扩增和在不同引物组合下扩增都证明该体系稳定可靠适合于大青叶SRAP分子标记。这一体系的建立为今后利用SRAP-PCR分子标记技术开展大青叶分子遗传学研究奠定了基础。

关键词: 大青叶, SRAP, 体系优化, 引物筛选

Abstract: We established and optimized SRAP-PCR amplification system for Isatis indigotica Fort by the orthogonal design. The order of factors affecting the result of SRAP-PCR were Mg²⁺, dNTPs, primers, template DNA and Taq DNA polymerase. A suitable SRAP-PCR system for Chinese bayberry was that total 25 μL reaction system containing 1.5 mmol·L^-1 Mg²⁺, 0.15 mmol·L^-1 dNTPs, 0.60 μmol·L^-1 primers, 2.0 U Taq DNA polymerase and 26 ng template DNA could be able to amplified the most rich polymorphism and clear bands. This reaction system was experimentally validatied and and primers selected, and should be a suitable system for the genetic diversity analysis of I.indigotica Fort.

Key words: Isatis indigotica Fort, SRAP, optimization, primer selection

中图分类号:

武正前1,2；李雪虎1*；梁剑平1；陆锡宏1；辛志君1；周翔1. 大青叶SRAP-PCR反应体系的建立与优化研究[J]. 植物研究, 2015, 35(2): 310-314.

WU Zheng-Qian1,2；LI Xue-Hu1*；LIANG Jian-Ping1；LU Xi-Hong1；XIN Zhi-Jun1；ZHOU Xiang1. Optimizing Sequence-Related Amplified Polymorphism Amplification System for Isatis indigotica Fort[J]. Bulletin of Botanical Research, 2015, 35(2): 310-314.

参考文献

1.郑剑玲,王美惠,杨秀珍.大青叶和板蓝根提取物的抑菌作用研究［J］.中国微生态学杂志,2003,15(1):18-19.

2.张连同,邱世翠,吕俊华,等.大青叶体外抑菌作用研究［J］.时珍国医国药,2002,13(5):283-284.

3.刘盛,陈万生,乔传卓,等.不同种质板蓝根和大青叶的抗甲型流感病毒作用［J］.第二军医大学学报,2000,21(3):204-206.

4.刘云海,李海清,石玉梅.大青叶抗内毒素实验［J］.中药材,1994,17(6):36-38.

5.柳继锋,张雪梅,薛多清,等.大青叶的化学成分研究［J］.中国中药杂志,2006,31(23):1961-1965.

6.陈万胜,王元英,罗成刚,等.利用正交设计优化烟草SRAP反应体系［J］.分子植物育种,2008,6(1)：177-182.

7.Li G,Quiros C F.Sequence-related amplified polymorpgism(SRAP) a new marker system based on a simple PCR reaction:its application to mapping and gene tagging in Brassica［J］.Theor Appl Genet,2001,103:455-461.

8.Phothipan S,Silayoi B,Wanichkul K,et al.Genetic relationship among bananas in AA,AAB and BB groups using random amplified polymorphic DNA(RAPD) and sequence related amplified polymorphism(SRAP) techniques［J］.Kasetsart Journal,2005,39(4):703-710.

9.邱文武,韦持章,郭凌飞,等.广西野生桃金娘SRAP体系优化及建立［J］.植物研究,2013,33(3):346-350.

10.谢春花,李晓玲,栾春艳,等.湖北河岸带植物中华蚊母树遗传多样性的SRAP分析［J］.植物研究,2012,32(3):311-319.

11.Budak H,Shearman RC,Parmaksiz I,et al.Comparative analysis of seeded and vegetative biotype buffalograssesbased on phylogenetic relationship using ISSRs,SSRs,RAPDs and SRAPs［J］.Theor Appl Genet,2004,109:280-288.

12.张飞,王炜勇,张智,等.光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系建立与引物筛选［J］.中国农学通报,2012,28（10）：173-178.

13.权俊萍,袁菊红,穆红梅,等.百里香属植物ISSR-PCR和SRAP-PCR体系的确立与优化［J］.植物资源与环境学报,2008,17(2):1-8.

14.郑轶琦,王志勇,郭海林,等.正交设计优化假俭草SRAP-PCR反应体系及引物筛选［J］.草业学报,2008,17(4):110-117.

[1]	杨立荣, 孙秀秀, 陈加利, 云勇, 陈宣, 郑道君. 海南特有极小种群植物文昌锥的SCoT-PCR体系建立及有效引物评价[J]. 植物研究, 2020, 40(1): 66-72.
[2]	吴春太, 班硕, 黎瑜, 曾日中. 橡胶树MSAP反应体系优化及其不同开割高度单株DNA甲基化分析[J]. 植物研究, 2016, 36(6): 860-869.
[3]	邓传良；任映雪；张卫丽；李书粉；高武军；卢龙斗. 葎草性别相关SRAP分子标记的鉴定[J]. 植物研究, 2014, 34(6): 798-802.
[4]	张安世;刘莹;张为民;赵利新. 均匀设计优化太行菊SRAPPCR反应体系[J]. 植物研究, 2014, 34(5): 712-715.
[5]	邱文武;韦持章;郭凌飞;杨祥燕;覃振师;王文林*. 广西野生桃金娘SRAP体系优化及建立[J]. 植物研究, 2013, 33(3): 346-350.
[6]	谢春花;李晓玲*;栾春艳;杨进;陈发菊;李争艳. 湖北河岸带植物中华蚊母树遗传多样性的SRAP分析[J]. 植物研究, 2012, 32(3): 311-319.
[7]	焦培培;王彦芹;庞新安;李志军;*. 濒危物种胡杨和灰叶胡杨总DNA提取及RAPD体系优化[J]. 植物研究, 2012, 32(3): 320-325.
[8]	张飞;王炜勇;张智;田丹青;刘建新;刘晓静. 光萼荷属植物SSR反应体系确立与指纹图谱构建[J]. 植物研究, 2012, 32(1): 115-119.
[9]	罗成;熊宇婷;顾蔚;*;王喆之;. 华中五味子ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选[J]. 植物研究, 2010, 30(5): 588-593.
[10]	魏军亚;刘德兵;魏守兴;谢子四;陈业渊*. 香蕉基因组SRAP反应体系的建立和优化[J]. 植物研究, 2009, 29(3): 352-356.
[11]	安娜;郭宏波*;周铜水;吴千红. 党参基因组DNA提取、ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选[J]. 植物研究, 2009, 29(3): 346-351.
[12]	郑道君;刘国民;*;梁远发;鄢东海;令狐昌弟;田永辉. 中国木犀科苦丁茶ISSR实验条件优化的研究[J]. 植物研究, 2009, 29(2): 234-241.
[13]	赵丽萍;柳李旺;*;龚义勤;王明霞;郁樊敏;汪隆植. 萝卜品种指纹图谱SRAP与AFLP分析[J]. 植物研究, 2007, 27(6): 687-693.
[14]	朱柏芳;;朱笃*;邓荣根;李思光. 穗花杉ISSR引物反应条件的优化与筛选[J]. 植物研究, 2006, 26(3): 318-322.
[15]	龚义勤;李　培;王明霞;赵丽萍;柳李旺*. 萝卜基因组DNA的RAMP-PCR体系优化[J]. 植物研究, 2006, 26(1): 93-97.

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